Dalam bahasa KH Abdurrahman Wahid, Pesantren merupakan sebuah sub kultur budaya masyarakat Indonesia. Kyai sebagai  pengasuh Pesantren menjadi tokoh sentral tidak saja sebagai pengeloa Pesantren tetapi Kyai juga sebagai tokoh dan panutan masyarakat Pesantren. Bahkan ada yang menyatakan bahwa Kyai di Pesantren bagaikan Raja-raja kecil yang mempunyai kekuasaan penuh atas masyarakat yang memberikan mandat kepadanya.Namun dalam dunia politik ketokohan Kyai tidak bisa disamakan dalam posisinya sebagai tokoh Pesantren. Hal ini bukan karena Kyai tidak layak untuk menjadi panutan dalam berpolitik, tetapi dalam dunia politik, Pesantren menggunakan perspektif sunni, di mana kekuasaan adalah kewajiban kelompok (fardu kifayah), sehingga politik dijadikan sebagai wasilah/media bukan ghoyah/tujuan dalam rangka mencapai kemashlahatan ummat.

Banyaknya praktek politik yang mengatasnamakan politik Islam seperti khilafah Islamiyah di timur tengah semacam al-Qaedah, ISIS dan sejenisnya, menjadikan kesan politik Islam yang arogan dan menakutkan. Sementara berpolitik ala pesantren mencerminkan politik Islam yang penuh kedamaian dan persahabatan.