Akreditasi adalah kegiatan penilaian untuk menentukan kelayakan Program Studi dan Perguruan Tinggi. Sampai saat ini peringkat akreditasi prodi PTKIS mayoritas C (1039 prodi), sebagian B (383 prodi) dan hanya  13 prodi yang memperoleh akreditasi A. Peringkat akreditasi program studi pada PTKIN lebih baik di bandingkan dengan PTKIS, akan tetapi  jauh di bawah PTN. Data dari BAN PT per 6 Agustus 2016 menunjukkan 169 prodi terakreditasi A,  718 prodi memproleh nilai B, dan masih  terdapat 299  nilai akreditasinya C.

Sampai saat ini baru 3 institusi yang kerakreditasi A, sebagian besar institusi (28 PTKIN) terakreditasi  B, dan terdapat 19  institusi terakreditasi C.  Dari seluruh jumlah PTKIN, 5 diantaranya belum diakreditasi. Kondisi tersebut lebih baik, dari pada PTKIS.  Belum ada satu pun institusi PTKIS yang terakrediatsi A, baru 7 perguruan tinggi yang mendapatkan nilai B, dan mayoritas,  140 PTKIS  mendapatkan peringkat akreditasi C. Menurut data Diktis, terdapat 627 institusi, dan  147 yang terakrediatsi. Berarti terdapat 480 institusi yang belum mengajukan akreditasi. Meurut peraturan yang ada, tahun 2019 seluruh institusi harus sudah terakreditasi agar bisa beroperasi.

Akreditasi eksternal yang dilakukan oleh BAN PT merupakan cerminan dari mutu pendidikan tinggi. Masih rendahnya akrediatsi program studi dan institusi, khsuusnya  PTKIS, dibutuhkan kemauan politik serta kebijakan yang memihak untuk meningkatkan mutu pendidikan tinggi. Perlu strategi khusus untuk mengatasinya. Dua hal yang harus dikuatkan adalah SPMI (Sistem Penjaminan Mutu Internal) dan data PD DIKTI (Pangkalan Data Pendidikan Dikti), oleh karena ke depan akreditasi berbasis pada SPMI dan PD DIKTI.